김해를 통한 일본과의 평화적 외교관계는 고려후기가 되면서 군사적 긴장관계로 급변하게 됩니다. 고려후기에 어디라 가릴 것 없이 출몰하여 해안지역은 물론 고려왕조의 커다란 근심이 되었고, 민중들에게 수많은 피해를 안겼던 왜구(倭寇)의 침입은 고종10년(1223) 이후부터 급격히 늘어나게 됩니다. 『고려사』는 고종10년(1223)부터 공양왕3년(1391)까지 168년 사이의 왜구침입을 484회로 기록하고 있습니다. 이러한 왜구의 침략은 남해안에 집중되었고, 김해지역에도 수없이 상륙하였습니다. 1223년 5월에 왜구가 김해(金州)를 침략하기 시작하여 후기의 김해에 대한 기록의 대부분은 왜구의 침략과 피해로 일관됩니다. 원종4년(1263) 2월에는 김해(金州) 관내 웅신현(熊神縣, 진해) 물도(勿島)에 침입하여 여러 고을의 공납물 수송선을 약탈해 갔습니다. 남해안에서 김해지역에 대한 왜구의 침략이 가장 극심했던 것은 김해가 남해 해운의 중심이었기 때문입니다. 이에 따라 김해의 사람과 산물은 물론, 여러 지역의 다양한 공납물을 수송하는 선단을 약탈했던 것입니다.